Miejsce to stanowiło ważny punkt, z którego można było kontrolować ruch statków wychodzących i wchodzących do Gdańska.
Nie jest wykluczone, że już za panowania książąt pomorskich znajdowała się tu strażnica. Jednak pierwsze pisane wzmianki o istnieniu strażnicy na miejscu dzisiejszej Twierdzy pochodzą z połowy XIV wieku. Z początku była to budowla drewniana, która często ulegała zniszczeniom. Pierwsza stała budowla fortyfikacyjna powstała tu już po uwolnieniu się spod panowania krzyżackiego.
Od 1974 r. Twierdza Wisłoujście jest w zarządzie Muzeum Historycznego Miasta Gdańska. Od tego czasu trwają tu badania archeologiczne i prace konserwatorskie. Z tego powodu Twierdza dopuszczona jest do zwiedzania jedynie warunkowo.
Twierdza Wisłoujście jest nie tylko bezcennym zabytkiem architektury fortyfikacyjnej, ale również jednym z kilku największych w województwie pomorskim zimowisk nietoperzy. W 2005 naliczono tu 313 osobników tych ściśle chronionych zwierząt.