Muzeum mieści się w zabytkowym poewangelickim kościele pod wezwaniem św.św. Piotra i Pawła, położonym w centrum miasta, tuż obok portu. Część frontową wieńczy niewysoka, drewniana wieża. która pełni funkcję widokową. Roztacza się z niej piękna panorama na miasto, port i plażę od strony Zatoki Puckiej. Kościół ucierpiał w wyniku działań wojennych w 1945 r. i został odrestaurowany w 1959 roku. Ponieważ w Helu nie działała już wtedy parafia ewangelicka, budynek pokościelny zaadaptowano na cele muzealne. W 1972 roku obiekt przekazano Centralnemu Muzeum Morskiemu w Gdańsku, które utworzyło tam swój oddział - Muzeum Rybołówstwa. Źródło: Centralne Muzeum Morskie